W&M iGEM团队解码细胞信号
威廉和玛丽iGEM团队——国际基因工程机器的首字母缩写——正准备连续第五年参加世界上最大的合成生物学比赛。来自世界各地主要研究机构的数百名学生团队将于10月24日在波士顿参加iGEM巨人大会。每个团队的项目都将在多方面的比赛中进行评判,获胜者将把所谓的科学世界杯带回家。
这是该大学之前获得的冠军头衔。William & 玛丽团队在2015年获得了iGEM大奖,去年获得了亚军,并且在他们参加的所有五项比赛中都获得了奖牌。今年,该团队的目标比在巨人大会上获胜更高。他们为细胞设计了一种信号转换器。一旦在佳博体育得到充分的测试,这项发明可能会对整个领域做出重大贡献,威廉玛丽大学的生物学校长玛格丽特·萨哈(Margaret Saha)说。
“今年的目标非常高,复杂,具有挑战性和高风险,”萨哈说,他在过去的五年里一直是该校iGEM团队的顾问。“我们并没有选择一个可靠的项目。对于所有的合成生物学来说,这将是非常重要的。”
萨哈解释说,在生物系统中,细胞通过一系列复杂的信号机制与彼此和环境进行交流。这些信号既有频率也有幅度,很像人类的语音或无线电波。虽然有时这种信号由闲聊或噪音组成,但更多时候,细胞信号会引发生理反应。今年的团队花了几个月的时间来设计解码这些信号的电路。
“问题是,合成生物学家并没有完全理解这些信号的语言,”萨哈说。“这种动态的、复杂的信号是合成生物学家没有接触过的,因为很难解释和解码这些信号。我们今年一个词的总体主题是‘解码’。”
该团队已经设计了一个文字解码器,团队负责人伊桑·琼斯说。解码器作为自然电路系统和合成电路系统之间的接口。他解释说,自然电路动态地存储信号信息,基于信号的强度如何随时间变化,而不是它们在单个特定时间点的强度。如果没有解码这些自然信号的方法,就像在不知道字母表之前就试图阅读一本书一样。
“这是自然系统所做的,因为它带来了很多复杂性和结构,”琼斯说,“但合成电路不是用来处理这些的。”合成生物学想要进入能够与自然系统相互作用的领域。例如,如果你想构建一个针对癌症的细胞,你必须能够读取细胞信号。你需要真正能够解释这些信息。”
iGEM项目倾向于促进协作和跨学科的工作,今年也不例外。该团队由生物学、数学、应用数学、计算机科学以及计算与应用数学与统计学(CAMS)专业的学生组成。除了琼斯,球队成员还有19岁的杰西卡·劳里、20岁的Tihn Son、21岁的Lillian Parr、21岁的Yashna Verma、21岁的Stephanie Do、21岁的Julia Urban、21岁的Adam Oliver、21岁的邹汉米、21岁的沈成武和21岁的方向义。
每个iGEM项目都在春季开始,学生团队共同决定他们希望从事的项目。琼斯解释说,今年的项目部分灵感来自去年的项目,即控制电路的速度。
琼斯说:“作为一个团体和一所学校,我们对这种基础知识感兴趣已经有一段时间了。“这是非常基础的,但也非常复杂。我们正在建立一种方法来获取细胞发出的基于时间的输入信号,将这些动态信息转化为合成电路用来处理的振幅信号。这里面有很多东西。”
除了项目本身,iGEM竞赛强烈鼓励每个团队将合成生物学背后的科学带到佳博体育之外,并进入他们的社区。劳里是该团队的公共宣传协调员。她说,她的服务对象是所有年龄段和人口统计数据,从养老院的居民到企业家、小学生和政府官员。她认为他们都是合成生物学未来的利益相关者。
“我们项目的最终目标不仅仅是说‘它有效’,”她说。“我们需要确保合成生物学项目得到实施。当涉及到实施时,你必须让一家公司接手这个项目,或者你可能需要政策转变——你需要让公众不害怕科学。”
尽管如此,劳里仍然希望能从比赛中带点什么回家。
“我已经累了很长一段时间了,”她笑着说,“所以我真的希望我们至少能获得一个奖项的提名。”如果我们不这样做,我的心会痛的。”
“但是很难知道会发生什么,”琼斯补充道。“最后,重要的是完成工作,而不是实际的最终结果。这个结果只是完成了工作的一个代表,我觉得我们已经完成了。”
萨哈表示同意。她说,真正的大奖在这个过程中。
“对我来说,科学才是最重要的,”萨哈说。“这是一个让学生们看到这个领域是多么美丽的机会。这就是机会。”